Warcraft III: The Frozen Throne был анонсирован 22 января 2003 года. 14 февраля того же года компанией был запущен закрытый бета-тест, в котором приняло участие 10.000 человек, 10 марта количество тестеров было увеличено еще на 10.000. 28 мая компания Soft-Club сообщила о завершении перевода дополнения на русский язык. 29 мая 2003 года игра ушла на золото.
Дальнейшее развитие происходит с выходом официальных обновлений, которые в основном исправляют ошибки и меняют игровой баланс. Например, уже первое выпущенное обновление, 1.10, внесло около 100 изменений в дополнение и оригинал. Некоторые обновления добавляли новый контент и дополнительные возможности: так, в обновлении 1.13 было добавлено продолжение кампании орков, а в обновлениях 1.15 и 1.17 — новые нейтральные герои. Кроме того, одно время на сайте Battle.net публиковались новые melee- и custom-карты. Все их можно скачать оттуда, а melee-карты вошли в официальные обновления и часть из них используется для рейтинговых игр на Battle.net.

16 апреля 2004 года, для тестирования новых возможностей обновления 1.15, Blizzard впервые вводит в эксплуатацию новый публичный тестовый сервер Battle.net под названием Westfall. В частности, среди новых возможностей этого обновления были улучшения основных серверов Battle.net: обновление системы поиска противника (англ. AMM ), более анонимный вариант игры «Каждый за себя» (англ. free for all) и рейтинговая система (англ. ladder) для кланов. Выход обновления состоялся 10 мая 2004 года. В дальнейшем, Westfall использовался для бета-теста некоторых других обновлений.

6 февраля 2008 года было выпущено обновление 1.21b, в котором была отключена проверка наличия диска игры в CD/DVD-приводе. Однако для игры на серверах Battle.net все так же требуется лицензионный CD-key.

1 мая 2009 года на официальном сайте была опубликована информация о том, что в игре существует уязвимость, с помощью которой злоумышленник может запустить вредоносный код через измененную пользовательскую карту. Было сообщено, что после выхода исправления авторам некоторых карт потребуется частично переписать их код. Уязвимость была устранена 4 августа 2009 года с выпуском обновления 1.24.